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Top 10 metrics for life science software good practices

H. Artaza, N. Hong, M. Corpas, A. Corpuz, R. Hooft, R. Jiménez, B. Leskosek, B. Olivier, J. Stourac, R. Vareková, und others. F1000Research, (2016)

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Tim Janz University of Stuttgart

Benedikt Janny

PD Dr. phil. Frank Janle University of Stuttgart

Isabel Janowsky-Vidovic University of Stuttgart

Hon. -Prof. Dr. Martin Jansen University of Stuttgart

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Top 10 metrics for life science software good practicesH. Artaza, N. Hong, M. Corpas, A. Corpuz, R. Hooft, R. Jiménez, B. Leskosek, B. Olivier, J. Stourac, R. Vareková und 1 andere Autor(en). F1000Research, (2016)PredictSNP2: A Unified Platform for Accurately Evaluating SNP Effects by Exploiting the Different Characteristics of Variants in Distinct Genomic Regions.J. Bendl, M. Musil, J. Stourac, J. Zendulka, J. Damborský, und J. Brezovsky. PLoS Computational Biology, (2016)CAVER Analyst 2.0: analysis and visualization of channels and tunnels in protein structures and molecular dynamics trajectories.A. Jurcík, D. Bednar, J. Byska, S. Marques, K. Furmanova, L. Daniel, P. Kokkonen, J. Brezovsky, O. Strnad, J. Stourac und 4 andere Autor(en). Bioinformatics, 34 (20): 3586-3588 (2018)HotSpot Wizard 2.0: automated design of site-specific mutations and smart libraries in protein engineering.J. Bendl, J. Stourac, E. Sebestova, O. Vavra, M. Musil, J. Brezovsky, und J. Damborský. Nucleic Acids Research, 44 (Webserver-Issue): W479-W487 (2016)HotSpot Wizard 3.0: web server for automated design of mutations and smart libraries based on sequence input information.L. Sumbalova, J. Stourac, T. Martínek, D. Bednar, und J. Damborský. Nucleic Acids Research, 46 (Webserver-Issue): W356-W362 (2018)CalFitter: a web server for analysis of protein thermal denaturation data.S. Mazurenko, J. Stourac, A. Kunka, S. Nedeljkovic, D. Bednar, Z. Prokop, und J. Damborský. Nucleic Acids Research, 46 (Webserver-Issue): W344-W349 (2018)FireProt: web server for automated design of thermostable proteins.M. Musil, J. Stourac, J. Bendl, J. Brezovsky, Z. Prokop, J. Zendulka, T. Martínek, D. Bednar, und J. Damborský. Nucleic Acids Research, 45 (Webserver-Issue): W393-W399 (2017)PredictSNP: Robust and Accurate Consensus Classifier for Prediction of Disease-Related Mutations.J. Bendl, J. Stourac, O. Salanda, A. Pavelka, E. Wieben, J. Zendulka, J. Brezovsky, und J. Damborský. PLoS Computational Biology, (2014)CaverDock: a molecular docking-based tool to analyse ligand transport through protein tunnels and channels.O. Vavra, J. Filipovic, J. Plhak, D. Bednar, S. Marques, J. Brezovsky, J. Stourac, L. Matyska, und J. Damborský. Bioinformatics, 35 (23): 4986-4993 (2019)